シダ植物がどのように進化してきたかについては、不明な点が多い。緑藻類のどれかに起源があるものと思われる。シダとコケの関係についても、諸説がある。 シダにおいて、前葉体から幼い植物体が生長を始めるところと、コケにおいて植物体から胞子のうが伸びるところとは相同であると見られるが、これを共通の祖先から別れたと見るか、どちらかからもう一方が進化したと見るか、それぞれに支持するものがいる。 また、シダ植物が多系統である可能性も指摘される。
